在论文查重时，使用PDF文档上传检测可能存在一些问题，这些问题可能会导致查重结果的不准确。以下是一些原因：

文本提取问题：PDF文件是一种用于展示文档的格式，而不是用于编辑的格式。PDF文件中的文本可能不会被查重系统完全准确地提取，尤其是当PDF包含图像、图形或特殊字体时。如果查重系统无法正确提取文本，那么查重结果可能会不准确。

格式保留：PDF文件通常保留原始文档的格式，包括字体、大小、布局等。这些格式信息可能会干扰查重系统对文本内容的分析。

图像和图形：PDF文件可能包含嵌入的图像和图形，其中可能包含文本。如果这些图像中的文本没有被正确地转换为可搜索的文本格式，查重系统可能无法识别这些内容，从而导致查重结果的不准确。

压缩和加密：PDF文件可能被压缩或加密，这可能会影响查重系统对文档内容的访问和分析。压缩可能会导致文本信息的丢失，而加密可能会阻止查重系统访问文档的全部内容。

元数据和注释：PDF文件可能包含元数据、注释和标记，这些内容可能不会被查重系统忽略，从而可能导致查重结果的误报。

因此为了确保查重结果的准确性，许多查重系统建议使用纯文本格式（如Word文档）进行查重。纯文本格式更容易被查重系统准确解析，减少了格式和编码问题，从而提高了查重结果的可靠性。如果你必须使用PDF文件进行查重，建议确保PDF是可搜索的，并且尽可能不包含图像或图形中的文本。